L’administration de l’université est assurée par les décisions du président, les délibérations du conseil d’administration et du conseil académique. Le président est élu à la majorité absolue des membres du conseil d’administration parmi les enseignants-chercheurs, chercheurs, professeurs ou maîtres de conférences, associés ou invités, ou tous autres personnels assimilés. Son mandat est d'une durée de quatre ans.

Le 2 septembre 2020, Thomas Clay, professeur agrégé de droit privé, a été nommé administrateur provisoire de l’université par le recteur de la région académique Île-de-France suite à la fin du mandat prolongé – en raison de la crise sanitaire – du président Georges Haddad. Il a pour mission principale d’organiser les prochaines élections aux conseils centraux qui désigneront le nouveau  président de Paris 1 Panthéon-Sorbonne.

Directions et services centraux